Mycobacterium phage Czyszczon1
Know something about this phage that we don't? Modify its data.
Detailed Information for Phage Czyszczon1
Discovery Information
Isolation HostMycobacterium smegmatis mc²155
Found ByEmilia Czyszczon
Year Found2010
Location FoundBedford, IN USA
Finding InstitutionPurdue University
ProgramScience Education Alliance-Phage Hunters Advancing Genomics and Evolutionary Science
From enriched soil sample?Yes
Isolation TemperatureNot entered
GPS Coordinates38.797861 N, 86.547 W Map
Discovery NotesLocation: Bluespring Caverns in Bedford, Indiana
Date: August 29, 2010
Air Temperature: 54°F (12.22°C)
Water Temperature: 54°F (12.22°C)
Soil Depth: 1 cm from top layer
Soil Type: Glacial Mud
Soil Moisture Content: Saturated
Urban or Rural: Rural
Sequencing Information
Sequencing Complete?Yes
Date Sequencing CompletedJun 13, 2013
Sequencing FacilityPurdue Genomics Facility
Shotgun Sequencing MethodIllumina Sequencing
Approximate Shotgun Coverage260
Genome length (bp)75075
Character of genome ends3' Sticky Overhang
Overhang Length9 bases
Overhang SequenceCGCTTGTCA
GC Content62.9%
Fasta file available?Yes: Download fasta file
Characterization
ClusterE
Subcluster--
Cluster Life CycleTemperate
Other Cluster Members
Annotating InstitutionPurdue University
Annotation StatusIn GenBank
Plaque NotesSize: 0.5-1.5 mm radius
Clear, round plaques with a thicker membrane surrounding
MorphotypeSiphoviridae
Has been Phamerated?Yes
Gene List

Click to View

Czyszczon1_1

Czyszczon1_2

Czyszczon1_3

Czyszczon1_4

Czyszczon1_5
(terminase small subunit)

Czyszczon1_6

Czyszczon1_7

Czyszczon1_8

Czyszczon1_9
(terminase large subunit)

Czyszczon1_10

Czyszczon1_11
(portal protein)

Czyszczon1_12
(capsid maturation protease)

Czyszczon1_13
(major capsid protein)

Czyszczon1_14

Czyszczon1_15
(head-to-tail adaptor)

Czyszczon1_16
(head-to-tail stopper)

Czyszczon1_17

Czyszczon1_18
(tail terminator)

Czyszczon1_19
(major tail protein)

Czyszczon1_20
(tail assembly chaperone)

Czyszczon1_21
(tail assembly chaperone)

Czyszczon1_22
(tail assembly chaperone)

Czyszczon1_23
(tape measure protein)

Czyszczon1_24
(minor tail protein)

Czyszczon1_25
(minor tail protein)

Czyszczon1_26
(minor tail protein)

Czyszczon1_27
(minor tail protein)

Czyszczon1_28
(minor tail protein)

Czyszczon1_29

Czyszczon1_30

Czyszczon1_31

Czyszczon1_32

Czyszczon1_33
(lysin A)

Czyszczon1_34
(holin)

Czyszczon1_35

Czyszczon1_36
(lysin B)

Czyszczon1_37

Czyszczon1_38
(NrdH-like glutaredoxin)

Czyszczon1_39

Czyszczon1_40
(Lsr2-like DNA bridging protein)

Czyszczon1_41

Czyszczon1_42

Czyszczon1_43

Czyszczon1_44

Czyszczon1_45

Czyszczon1_46

Czyszczon1_47

Czyszczon1_48

Czyszczon1_49

Czyszczon1_50

Czyszczon1_51

Czyszczon1_52

Czyszczon1_53
(integrase)

Czyszczon1_54

Czyszczon1_55

Czyszczon1_56
(helix-turn-helix binding protein)

Czyszczon1_57

Czyszczon1_58

Czyszczon1_59

Czyszczon1_60

Czyszczon1_61

Czyszczon1_62

Czyszczon1_63

Czyszczon1_64

Czyszczon1_65

Czyszczon1_66

Czyszczon1_67

Czyszczon1_68
(exonuclease)

Czyszczon1_69

Czyszczon1_70
(ERF family ssDNA binding protein)

Czyszczon1_71

Czyszczon1_72

Czyszczon1_73

Czyszczon1_74

Czyszczon1_75

Czyszczon1_76

Czyszczon1_77
(DNA binding protein)

Czyszczon1_78
(HNH endonuclease)

Czyszczon1_79

Czyszczon1_80

Czyszczon1_81

Czyszczon1_82
(dsDNA helicase)

Czyszczon1_83

Czyszczon1_84
(WhiB family transcription factor)

Czyszczon1_85

Czyszczon1_86

Czyszczon1_87
(holiday junction resolvase)

Czyszczon1_88

Czyszczon1_89
(polynucleotide kinase)

Czyszczon1_90

Czyszczon1_91

Czyszczon1_92
(RNA ligase)

Czyszczon1_93

Czyszczon1_94
(WhiB family transcription factor)

Czyszczon1_95

Czyszczon1_96

Czyszczon1_97

Czyszczon1_98

Czyszczon1_99

Czyszczon1_100

Czyszczon1_101
(ssDNA binding protein)

Czyszczon1_102
(ClpP-like protease)

Czyszczon1_103
(helix-turn-helix binding protein)

Czyszczon1_104

Czyszczon1_105

Czyszczon1_106

Czyszczon1_109

Czyszczon1_110

Czyszczon1_111

Czyszczon1_112

Czyszczon1_113
(DNA polymerase I)

Czyszczon1_114

Czyszczon1_115
(RecA-like recombinase)

Czyszczon1_116

Czyszczon1_117

Czyszczon1_118

Czyszczon1_119

Czyszczon1_120

Czyszczon1_121

Czyszczon1_122

Czyszczon1_123

Czyszczon1_124

Czyszczon1_125

Czyszczon1_126

Czyszczon1_127
(DNA binding protein)

Czyszczon1_128

Czyszczon1_129

Czyszczon1_130

Czyszczon1_131

Czyszczon1_132

Czyszczon1_133

Czyszczon1_134

Czyszczon1_135

Czyszczon1_136

Czyszczon1_137

Czyszczon1_138

Czyszczon1_139

Czyszczon1_140

Czyszczon1_141

Czyszczon1_142

Czyszczon1_143

Czyszczon1_144

Czyszczon1_145

Czyszczon1_146

Submitted Annotation in DNA Master FormatDownload
Submitted Minimal DNA Master FileDownload
Author ListDownload
Annotation Cover SheetDownload
Publication Info
Uploaded to GenBank?Yes
GenBank AccessionMK359309
Refseq NumberNone yet
Published in PaperPope, Bowman, Russell, et al 2015, eLIFE: Whole genome comparison of a large collection of mycobacteriophages reveals a continuum of phage genetic diversity
Archiving Info
Archiving status Archived
SEA Designator 2010PURDczyszczon1EAC
Pitt Freezer Box# 16
Pitt Freezer Box Grid# 11
Available Files
Plaque PictureDownload
EM PictureDownload
Final DNAMaster FileDownload
GenBank File for PhameratorDownload