Mycobacterium phage Llama
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Detailed Information for Phage Llama
Discovery Information
Isolation HostMycobacterium smegmatis mc²155
Found ByNorhan Shamloul
Year Found2012
Location FoundPittsburgh, PA USA
Finding InstitutionUniversity of Pittsburgh
ProgramPhage Hunters Integrating Research and Education
From enriched soil sample?Unknown
Isolation TemperatureNot entered
GPS Coordinates40.443111 N, 79.954564 W Map
Discovery NotesTaken from a flower bed surrounding Posvar Hall. Sample was found on 5/14/12 and processed the following day. It was moist and it was 88 degrees and sunny.
Sequencing Information
Sequencing Complete?Yes
Date Sequencing CompletedJan 30, 2013
Sequencing FacilityPittsburgh Bacteriophage Institute
Shotgun Sequencing MethodIon Torrent Sequencing
Approximate Shotgun Coverage180
Sanger Finishing Reactions23
Genome length (bp)58472
Character of genome ends3' Sticky Overhang
Overhang Length10 bp
Overhang SequenceCGGATGGCGC
GC Content61.1%
Fasta file available?Yes: Download fasta file
Characterization
ClusterF
SubclusterF1
Other Cluster Members

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AbbyNormal (None)

Grib (None)

Kishmeesh (None)

KitCat (None)

MightyMorph (None)

Puck (None)

WIVsmall1220 (None)

Alexphander (F1)

Anaxagorus (F1)

Ant1Dodson (F1)

ArcusAngelus (F1)

Ardmore (F1)

Arienne (F1)

Asmart (F1)

Awesomesauce (F1)

Batiatus (F1)

BigPhil (F1)

Bipolar (F1)

BobaPhett (F1)

Bobi (F1)

Boomer (F1)

Braemar (F1)

Brocalys (F1)

Bubbles123 (F1)

BuzzLyseyear (F1)

Byougenkin (F1)

Cabrinians (F1)

Cakepop (F1)

CaptainTrips (F1)

Cerasum (F1)

Che8 (F1)

Chhibber (F1)

Chikondi (F1)

Chuckly (F1)

Clover (F1)

CoolGuy (F1)

Cornucopia (F1)

Daenerys (F1)

Danda (F1)

Dante (F1)

DaWorst (F1)

DCrust15 (F1)

DeadP (F1)

Desmond (F1)

DillTech15 (F1)

DirtMcgirt (F1)

DLane (F1)

Docouto (F1)

Dorothy (F1)

DotProduct (F1)

Drago (F1)

DRBy19 (F1)

Emma (F1)

Empress (F1)

Estave1 (F1)

Estella (F1)

Filuzino (F1)

Firehouse51 (F1)

Flathead (F1)

Florinda (F1)

Frankie (F1)

Fruitloop (F1)

FunOne (F1)

Galactic (F1)

Gardregs (F1)

Gendisarray (F1)

Genesis (F1)

Geralt (F1)

Girafales (F1)

Girr (F1)

GUmbie (F1)

Hades (F1)

Hamulus (F1)

Harley (F1)

Hegedechwinu (F1)

Ibhubesi (F1)

Inventum (F1)

IrishSherpFalk (F1)

James (F1)

Job42 (F1)

Judylove (F1)

Kalikimaka (F1)

Kersh (F1)

Kimberlium (F1)

KingMidas (F1)

Kingsley (F1)

Koella (F1)

Krakatau (F1)

KristaRAM (F1)

LillyLatzon (F1)

Llama (F1)

Llij (F1)

Lysinator (F1)

MacDrage (F1)

Mantra (F1)

Mattes (F1)

McDiddy (F1)

Melissauren88 (F1)

MilleniumForce (F1)

MinionDave (F1)

Minnie (F1)

Misha28 (F1)

MisterCuddles (F1)

Mozy (F1)

Mutaforma13 (F1)

Nemain (F1)

Nitzel (F1)

Noodle (F1)

Ogopogo (F1)

OldBen (F1)

OlympiaSaint (F1)

Ovechkin (F1)

OwlsT2W (F1)

Pacc40 (F1)

Phabio (F1)

Phasih (F1)

Phatniss (F1)

PhrankthaTank (F1)

Piper2020 (F1)

Pippy (F1)

Plackberry (F1)

Plumbus (F1)

PMC (F1)

Polka14 (F1)

PopTart (F1)

Priscilla (F1)

Prometheus (F1)

Quico (F1)

Ramsey (F1)

RitaG (F1)

Rocktrap (F1)

RockyHorror (F1)

Rombolo (F1)

Royals2015 (F1)

Ruby (F1)

S2Kari (F1)

S2TSquared (F1)

Saal (F1)

SaltyMike (F1)

SassyB (F1)

Scottish (F1)

Seagreen (F1)

SG4 (F1)

Sharpshooter (F1)

Shauna1 (F1)

SherL (F1)

ShiLan (F1)

SimranZ1 (F1)

SiSi (F1)

Sparkdehlily (F1)

Spartacus (F1)

Spoonbill (F1)

SuperGrey (F1)

SwagPigglett (F1)

Taj (F1)

TootsiePop (F1)

Tweety (F1)

UncleRicky (F1)

Velveteen (F1)

Wachhund (F1)

Wee (F1)

Whouxphf (F1)

WillSterrel (F1)

WIVsmall (F1)

XFactor (F1)

Zerg (F1)

Avani (F2)

Che9d (F2)

Demsculpinboyz (F2)

Jabbawokkie (F2)

Yoshi (F2)

Zapner (F2)

Squirty (F3)

TChen (F4)

Cornie (F5)

Plaque NotesThere were ten different plaques. Most of them had different morphologies (some had halos while others didn't; some were much smaller than others). All yielded the same phage.
MorphotypeSiphoviridae
Final annotation complete?No
Has been Phamerated?Yes
Gene List

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Llama_1
(terminase small subunit)

Llama_2
(terminase large subunit)

Llama_3
(portal protein)

Llama_4
(capsid maturation protease)

Llama_5
(scaffolding protein)

Llama_6
(major capsid)

Llama_7
(head-to-tail connector)

Llama_8
(head-to-tail connector)

Llama_9
(head-to-tail connector)

Llama_10
(head-to-tail connector)

Llama_11
(major tail subunit)

Llama_12
(tail assembly chaperone)

Llama_13
(tail assembly chaperone)

Llama_14
(tapemeasure)

Llama_15
(minor tail protein)

Llama_16
(minor tail protein)

Llama_17
(minor tail protein)

Llama_18
(minor tail protein)

Llama_19
(minor tail protein (D-ala-D-ala carboxypeptidase))

Llama_20
(minor tail protein)

Llama_21

Llama_22

Llama_23
(minor tail protein)

Llama_24
(minor tail protein)

Llama_25

Llama_26

Llama_27

Llama_28

Llama_29

Llama_30
(lysin A)

Llama_31
(lysin B)

Llama_32
(holin)

Llama_33

Llama_34

Llama_35
(DnaQ-like protein)

Llama_36

Llama_37

Llama_38

Llama_39

Llama_40

Llama_41

Llama_42

Llama_43
(GIY-YIG endonuclease)

Llama_44

Llama_45
(integrase)

Llama_46

Llama_47
(immunity repressor)

Llama_48
(CRO protein)

Llama_49

Llama_50
(putative antirepresser)

Llama_51

Llama_52

Llama_53

Llama_54

Llama_55

Llama_56

Llama_57

Llama_58

Llama_59

Llama_60

Llama_61

Llama_62
(WhiB)

Llama_63

Llama_64
(WhiB)

Llama_65
(HTH DNA binding domain protein)

Llama_66

Llama_67

Llama_68
(AAA ATPase)

Llama_69
(DNA methylase)

Llama_70
(HNH endonuclease)

Llama_71

Llama_72

Llama_73

Llama_74
(DNA methylase)

Llama_75
(DNA methylase)

Llama_76

Llama_77

Llama_78

Llama_79

Llama_80

Llama_81

Llama_82

Llama_83

Llama_84
(MPME2 protein)

Llama_85

Llama_86

Llama_87

Llama_88

Llama_89

Llama_90

Llama_91

Llama_92

Llama_93

Llama_94

Llama_95

Llama_96

Llama_97

Llama_98

Llama_99

Llama_100
(GIY-YIG endonuclease)

Llama_101

Llama_102

Llama_103

Llama_104

Llama_105

Llama_106

Llama_107

Llama_108
(glycosyltransferase/methyltransferase)

Llama_109
(galactosyltransferase)

Llama_110
(glycosyltransferase)

Llama_111
(HNH endonuclease)

Publication Info
Uploaded to GenBank?Yes
GenBank AccessionKM402757
Refseq NumberNone yet
Published in PaperPope, Bowman, Russell, et al 2015, eLIFE
Available Files
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